Kenshin telah menetap di kehidupan barunya dengan Kaoru dan teman-temannya yang lain ketika dia didekati dengan permintaan dari pemerintah Meiji. Makoto Shishio, mantan pembunuh bayaran seperti Kenshin, dikhianati, dibakar dan dibiarkan mati. Dia selamat, dan sekarang di Kyoto, berkomplot dengan prajuritnya yang berkumpul untuk menggulingkan pemerintahan baru. Menentang keinginan Kaoru, Kenshin dengan enggan setuju untuk pergi ke Kyoto dan membantu menjaga negaranya agar tidak kembali ke perang saudara.
Kenshin has settled into his new life with Kaoru and his other friends when he is approached with a request from the Meiji government. Makoto Shishio, a former assassin like Kenshin, was betrayed, set on fire and left for dead. He survived, and is now in Kyoto, plotting with his gathered warriors to overthrow the new government. Against Kaoru’s wishes, Kenshin reluctantly agrees to go to Kyoto and help keep his country from falling back into civil war.
